<div dir="ltr"><div><div>The original sequences are also in a permuted order. I took your suggestion to store the order in the accessions. That worked fine.<br><br></div>Thanks,<br><br></div>Spencer<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 1, 2016 at 7:43 AM, Andreas Prlic <span dir="ltr"><<a href="mailto:andreas@sdsc.edu" target="_blank">andreas@sdsc.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Spencer,<div><br></div><div>You might have to compare the accession codes of the sequences...<br><br></div><div>// 1 is the first sequence in the alignment, not 0...<br> AlignedSequence<ProteinSequence, AminoAcidCompound> as = profile.getAlignedSequence(1);   <br>      System.out.println(as.getAccession());</div><div><br></div><div>Alternatively, what is the order of sequences that comes out of <span>profile</span>.getOriginalSequences() ?</div><div><br></div><div><br></div>







<div>A</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Mon, Feb 29, 2016 at 9:15 AM, Spencer Bliven <span dir="ltr"><<a href="mailto:spencer.bliven@gmail.com" target="_blank">spencer.bliven@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><p dir="ltr">I'm creating a multiple sequence alignment using Alignments.getMultipleSequenceAlignment, as described in the<a href="http://biojava.org/wiki/BioJava:CookBook3:MSA" target="_blank"> cookbook</a>. The problem is that the returned profile has rows in a different order than the input array of sequenced. How can I map from an index in the inputs to the rows of the profile?</p>
<p dir="ltr">Thanks,<br>
Spencer</p>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Biojava-l mailing list  -  <a href="mailto:Biojava-l@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biojava-l@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-l" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-l</a><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">-----------------------------------------------------------------------<br>Dr. Andreas Prlic<br>RCSB PDB Protein Data Bank</div><div>Technical & Scientific Team Lead</div><div dir="ltr">University of California, San Diego<div><br></div><div>Editor Software Section <br><div>PLOS Computational Biology<div><div><div><br></div><div>BioJava Project Lead<br>-----------------------------------------------------------------------<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br></div>