<p dir="ltr">I'm creating a multiple sequence alignment using Alignments.getMultipleSequenceAlignment, as described in the<a href="http://biojava.org/wiki/BioJava:CookBook3:MSA"> cookbook</a>. The problem is that the returned profile has rows in a different order than the input array of sequenced. How can I map from an index in the inputs to the rows of the profile?</p>
<p dir="ltr">Thanks,<br>
Spencer</p>