<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div>
<div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">
Hi Andreas,</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">
&nbsp; Thanks for the reply! &nbsp;In fact, the example page you provided is exactly what I was attempting to do, but I moved away from it.</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">
&nbsp; This example is so very nearly complete, but it’s missing one line in the for loop which prints the 6 frame results — I want to end up with ProteinSequence objects, wrapped from the individual Sequence&lt;AminoAcid&gt; objects. &nbsp;I can take the naïve approach and
 create ProteinSequence objects from the String form of the Sequence object, but that doesn’t scale well.</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">
<br>
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">
&nbsp; In my code, I abandoned the .multipleFrameTranslation call and simply did this:</div>
<div><font face="Calibri,sans-serif">for (Frame frame : Frame.getAllFrames()) {</font></div>
<div><font face="Calibri,sans-serif">&nbsp; ProteinSequence seq = dna.getRNASequence(frame).getProteinSequence(te);</font></div>
<div><font face="Calibri,sans-serif">&nbsp; //etc</font></div>
<div><font face="Calibri,sans-serif">}</font></div>
<div><font face="Calibri,sans-serif"><br>
</font></div>
<div><font face="Calibri,sans-serif">&nbsp; Ultimately, it’s not obvious what the is ‘right’ way to go from Sequence&lt;C&gt; to the proper wrapper class (i.e. Sequence&lt;AminoAcidCompound&gt; -&gt; ProteinSequence)</font></div>
<div><font face="Calibri,sans-serif">&nbsp; Thanks!</font></div>
<div><font face="Calibri,sans-serif">John</font></div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">
<div id="MAC_OUTLOOK_SIGNATURE"></div>
</div>
</div>
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">
<br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px;">
<div style="font-family:Calibri; font-size:12pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span>&lt;<a href="mailto:andreas.prlic@gmail.com">andreas.prlic@gmail.com</a>&gt; on behalf of Andreas Prlic<br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Tuesday, August 11, 2015 at 12:58 AM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>John Stalker<br>
<span style="font-weight:bold">Cc: </span>&quot;<a href="mailto:biojava-l@mailman.open-bio.org">biojava-l@mailman.open-bio.org</a>&quot;<br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: [Biojava-l] Constructing (wrapping) DNASequence from a SequenceView&lt;NucleotideCompound&gt;<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div dir="ltr">Hi John,
<div><br>
</div>
<div>It would help if you would explain a bit more detailed, what you are tyring to do. Have you seen the new BioJava tutorial on github? For example there is a page that explains how to translate various sequence types</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://github.com/biojava/biojava-tutorial/blob/master/core/translating.md">https://github.com/biojava/biojava-tutorial/blob/master/core/translating.md</a><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Does that help? If not, perhaps provide some more info, what you want to do?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>Andreas</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Fri, Aug 7, 2015 at 6:29 AM, John Stalker <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:jstalker@coreinformatics.com" target="_blank">jstalker@coreinformatics.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif">
<div>
<div>
<div>Hi there,</div>
<div>&nbsp; I’m working on some code multi-frame translation code and I think I’m missing a fundamental property here.</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp; I want to be using DNASequence, RNASequence, and ProteinSequence classes, but operations I’m using end up returning Sequence&lt;C&gt; or SequenceView&lt;C&gt;.&nbsp; What is the conversion / wrapper path from the latter to the former?</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp; So for example, if I get a subSequence from DNASequence, I have a SequenceView&lt;NucleotideCompound&gt;.&nbsp; How do I wrap that in a new DNASequence?&nbsp; Similarly, when I have instances of Sequence&lt;AminoAcidCompound&gt; (the result of TranscriptionEngine.multipleFrameTranslation),
 how do I wrap that with ProteinSequence?</div>
<div>&nbsp; Looking a the constructors for the main *Sequence classes, there’s nothing (save String) that stands out.&nbsp; The implementations of SequenceReader (for DNASequence) and ProxySequenceReader (for RNASequence and ProteinSequence…why are these not all the
 same interface is another question) don’t stand out as being appropriate.</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp; I’m might just be dense here, but any help would be appreciated!&nbsp; Thanks!</div>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div>John</div>
<div>
<div></div>
</div>
</font></span></div>
</div>
</div>
<br>
_______________________________________________<br>
Biojava-l mailing list&nbsp; -&nbsp; <a href="mailto:Biojava-l@mailman.open-bio.org">Biojava-l@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-l" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-l</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
<div class="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</span>
</body>
</html>