<div dir="ltr">Hi Michael!<div><br></div><div>Thank you very much! I&#39;ve done it. Sadly I saw that the load of names.dmp and nodes.dmp takes lots of time (well, normally, there are big files) and in fact with &quot;default parameters&quot; my program ends with an outofmemory error (I was just trying to load the data and insert all the NCBITaxon objects on a LinkedList). I was taking a look to the possibility of load the content of NCBI taxonomy in a database through BioSQL.</div><div><br></div><div>Do you think that this could be a best option to manage NCBI Taxonomy data?</div><div><br></div><div>Cheers</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 17 March 2015 at 16:28, Michael Heuer <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:heuermh@gmail.com" target="_blank">heuermh@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hello Dr. González,<br><br></div>The link below related to the BioJavaX libraries is in fact for the 1.x series of BioJava releases (also known as biojava-legacy).<br><br></div>The 1.x download page is here<br><a href="http://biojava.org/wiki/BioJava:Download_1.9.1" target="_blank">http://biojava.org/wiki/BioJava:Download_1.9.1</a><br><br>I just cut a version 1.9.2 last Friday and haven&#39;t updated the wiki yet, so if you&#39;re using Maven, try e.g.<br><pre>    &lt;dependency&gt;
      &lt;groupId&gt;org.biojava&lt;/groupId&gt;
      &lt;artifactId&gt;core&lt;/artifactId&gt;
      &lt;version&gt;1.9.2&lt;/version&gt;
    &lt;/dependency&gt;</pre>The other jars are listed here, look for version 1.9.2<br><br><a href="http://search.maven.org/#search%7Cga%7C1%7Cg%3A%22org.biojava%22" target="_blank">http://search.maven.org/#search|ga|1|g%3A%22org.biojava%22</a><br><br></div><div>   michael<br></div><div><br></div><div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Tue, Mar 17, 2015 at 6:01 AM, Alejandro Rodríguez González <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:alejandro@alejandrorg.com" target="_blank">alejandro@alejandrorg.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>First of all, apologies if this question has been already answered or seems silly. I&#39;m new using BioJava and I&#39;ve been trying to do this for a couple of days but I don&#39;t find any answer/solution.</div><div><br></div><div>I just want to load NCBI Taxonomy content (names.dmp and nodes.dmp, as I saw in the documentation (<a href="http://biojava.org/wiki/BioJava:BioJavaXDocs#NCBI_Taxonomy_loader." target="_blank">http://biojava.org/wiki/BioJava:BioJavaXDocs#NCBI_Taxonomy_loader.</a>)) using BioJava in order to query the taxonomy data.</div><div><br></div><div>In the wiki I found an example about how to &quot;start&quot; the loading process (<a href="http://biojava.org/wiki/BioJava:BioJavaXDocs#NCBI_Taxonomy_data" target="_blank">http://biojava.org/wiki/BioJava:BioJavaXDocs#NCBI_Taxonomy_data</a>) but I realized that these classes doesn&#39;t exists in current Jars. I download all the jars and import all of them (because I didn&#39;t know if I only need core or any extra one) but the class is missing. I also see that Javadoc of 4.0 version (<a href="http://www.biojava.org/docs/api4.0.0/" target="_blank">http://www.biojava.org/docs/api4.0.0/</a>) doesn&#39;t have the classes mentioned in the example neither.</div><div><br></div><div>Searching I found that these classes seem to be classes of an older BioJava version (1.5, 1.7, ..).</div><div><br></div><div>I don&#39;t know if I&#39;m doing something wrong or just is that this part of the wiki has not been updated or..? any clue?</div><div><br></div><div>If any of you, by the way, have some example of code working with ncbi taxonomy that can provide me it would be very helpful.</div><div><br></div><div>Cheers<span><font color="#888888"><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><span style="font-family:&#39;Times New Roman&#39;;font-size:medium">Dr. Alejandro Rodríguez González - PhD<br style="padding:0px;margin:0px"><br style="padding:0px;margin:0px"><div>Bioinformatics at Centre for Plant Biotechnology and Genomics UPM-INIA</div><div>Polytechnic University of Madrid</div><a href="http://www.alejandrorg.com" target="_blank">http://www.alejandrorg.com</a><br style="padding:0px;margin:0px">Phone: +34 </span><font face="Times New Roman" size="3"><a href="tel:914524900" value="+34914524900" target="_blank">914524900</a> . Ext: 25550</font><div><span style="font-family:&#39;Times New Roman&#39;;font-size:medium"><br></span></div><div><span style="font-family:&#39;Times New Roman&#39;;font-size:medium"><br></span></div><div><span style="font-family:&#39;Times New Roman&#39;;font-size:medium"><i>Once the game is over, the king and the pawn go back in the same box. - Italian proverb</i></span></div></div>
</font></span></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Biojava-l mailing list  -  <a href="mailto:Biojava-l@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biojava-l@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-l" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-l</a><br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="font-family:&#39;Times New Roman&#39;;font-size:medium">Dr. Alejandro Rodríguez González - PhD<br style="padding-top:0px;padding-right:0px;padding-bottom:0px;padding-left:0px;margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px"><br style="padding-top:0px;padding-right:0px;padding-bottom:0px;padding-left:0px;margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px"><div>Bioinformatics at Centre for Plant Biotechnology and Genomics UPM-INIA</div><div>Technical University of Madrid</div><a href="http://www.alejandrorg.com" target="_blank">http://www.alejandrorg.com</a><br style="padding-top:0px;padding-right:0px;padding-bottom:0px;padding-left:0px;margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0px">Phone: +34 </span><font face="Times New Roman" size="3">914524900 . Ext: 25550</font><div><span style="font-family:&#39;Times New Roman&#39;;font-size:medium"><br></span></div><div><span style="font-family:&#39;Times New Roman&#39;;font-size:medium"><br></span></div><div><span style="font-family:&#39;Times New Roman&#39;;font-size:medium"><i>Once the game is over, the king and the pawn go back in the same box. - Italian proverb</i></span></div></div></div></div>
</div>