<div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p style="margin:0.4em 0px 0.5em"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px;line-height:19.0499992370605px">BioJava 4.0.0 has been released and is available from Maven Central as well as from </span><font color="#000000" face="sans-serif"><span style="font-size:12.6999998092651px;line-height:19.0499992370605px"><a href="http://biojava.org/wiki/BioJava:Download">http://biojava.org/wiki/BioJava:Download</a></span></font><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px;line-height:19.0499992370605px">.</span></p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.0499992370605px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px"><span style="font-size:12.6999998092651px;line-height:19.0499992370605px">BioJava 4.0.0 is a major release, with many new features as well as core API changes. In accordance with semantic versioning nomenclature, the jump to 4.x.x indicates that existing applications may need to be modified (e.g. due to the removal of deprecated methods). In most cases there should be a clearly documented replacement method. See below for details on how to upgrade.</span></p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.0499992370605px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px">This release contains over 500 commits from 17 authors:</p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.0499992370605px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px">@andreasprlic @benjamintboyle @christiam @dmyersturnbull @Elinow @emckee2006 @jgrzebyta @josemduarte @kevinwu1 @pibizza @heuermh @paolopavan @parit @pwrose @sbliven @sroughley @willishf</p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.0499992370605px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px"><b>New Features:</b></p><ul style="line-height:19.0499992370605px;list-style-type:square;margin:0.3em 0px 0px 1.5em;padding:0px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px"><li style="margin-bottom:0.1em">General<ul style="line-height:1.5em;list-style-type:square;margin:0.3em 0px 0px 1.5em;padding:0px"><li style="margin-bottom:0.1em">Consistent error logging. SLF4J is used for logging and provides adaptors for all major logging implementations. (many contributors, including @benjamintboyle and @josemduarte)</li><li style="margin-bottom:0.1em">Improved handling of exceptions (@dmyersturnbull)</li><li style="margin-bottom:0.1em">Removed deprecated methods</li><li style="margin-bottom:0.1em">Expanded the BioJava tutorial (@andreasprlic, @josemduarte, and @sbliven)</li><li style="margin-bottom:0.1em">Updated dependencies where applicable</li><li style="margin-bottom:0.1em">Available on Maven Central (@andreasprlic and @heuermh)</li></ul></li><li style="margin-bottom:0.1em">biojava3-core<ul style="line-height:1.5em;list-style-type:square;margin:0.3em 0px 0px 1.5em;padding:0px"><li style="margin-bottom:0.1em">Improved Genbank parser, including support for feature records, qualifiers, and nested locations. (@paolopavan and @jgrzebyta)</li></ul></li><li style="margin-bottom:0.1em">biojava3-structure<ul style="line-height:1.5em;list-style-type:square;margin:0.3em 0px 0px 1.5em;padding:0px"><li style="margin-bottom:0.1em">Better support for crystallographic information, including crystallographic operators, unit cells, and protein-protein interfaces. (@josemduarte)</li><li style="margin-bottom:0.1em">Better organization of downloaded structure files (set using the PDB_DIR and PDB_CACHE_DIR environmental variables) (@sbliven)</li><li style="margin-bottom:0.1em">Better command-line tools for structure alignment (@sbliven)</li><li style="margin-bottom:0.1em">New algorithm for symmetry detection in biological assemblies (@pwrose)</li><li style="margin-bottom:0.1em">New algorithm for fast contact calculation, both intra-chain and inter-chain (@josemduarte)</li><li style="margin-bottom:0.1em">Support for Accessible Surface Area (ASA) calculation through and implementation of the Shrake &amp; Rupley algorithm, both single-thread and parallel (memory permitting) (@josemduarte)</li><li style="margin-bottom:0.1em">Support for large structures (memory permitting) and multi-character chain IDs.</li><li style="margin-bottom:0.1em">Default to mmCIF file format, as recommended by the wwPDB</li></ul></li></ul><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.0499992370605px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px">This version is compatible with Java 6, 7, and 8.</p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.0499992370605px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px"><b>Upgrading</b> </p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.0499992370605px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px">Since we renamed all package names to be consistent across the whole project, there will be import errors when upgrading to this version. These can automatically get resolved using IDEs such as Eclipse or IntelliJ by selecting the <i>Optimize Import</i> menu item.</p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.0499992370605px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px"><b>About BioJava:</b></p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.0499992370605px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px">BioJava is a mature open-source project that provides a framework for processing of biological data. BioJava contains powerful analysis and statistical routines, tools for parsing common file formats, and packages for manipulating sequences and 3D structures. It enables rapid bioinformatics application development in the Java programming language.</p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.0499992370605px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px">Happy BioJava-ing,</p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.0499992370605px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.6999998092651px">Andreas</p></div></div>
</div>