<div dir="ltr">Hello!<br>I have a problem with aligning the sequences with the help of 
NiedlemanWunsch class. The problem is following: I found the sequences, 
where method &quot;getSimilarity&quot; got negative numbers, but the description 
said: &quot;It returns score as a similarity between 0.0 and 1.0&quot;<br>I looked
 at the output of methods &quot;getMaxScore&quot;, &quot;getMinScore&quot; and &quot;getScore&quot;, 
which are involved in calculations of method &quot;getSimilarity&quot;, and I have
 noticed, that &quot;getMinScore&quot; and &quot;getMaxScore&quot; got strange numbers 
(maxScore was less than minScore or both were negative), but output of 
&quot;getScore&quot; seemed adequate.<br>I used SimpleGapPenalty and SubstitutionMatrixHelper.getNuc4_4() as a parameters of constructor of NiedlemanWunsch class. <br>According
 to rules, i can&rsquo;t attach file with sequences to my letter. But in case 
it is possible, I would kindly ask you to explain me, how to do it 
correctly,and then i&#39;ll send you the sequences. They are too long to be 
send like a text in a letter.<br><br>Thanks for your attention!<span id="result_box" class="" lang="en"><span class=""></span></span><div><div><div><div><div><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature">Regards, <br></div><div class="gmail_signature">Alexander Beskrovnyy<br></div>
</div></div></div></div></div></div></div></div></div>