<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi,<br></div><div><br>I was looking back at issue 330 (short lines when parsing PDB) but there have been some large API changes ~ 4.2.x to move BioJava to more resemble mmCIF structure formats.  These API changes dropped LINK (and possibly CONECT records?).  <br></div></div></div><br>The question I have is whether CONECT records should now be used to create Bond(s), like what happens for SSBonds?  Is BioJava only going to use Bond instances to describe bond-like interactions?  CONECT records are still being parsed but they may no longer be stored or accessible from a Structure, since they are not creating Bond instances and getConnections() was deprecated.<br></div><br></div>It would be helpful to still provide CONECT information from PDB files to describe bonding between atoms especially for ligands.  If not, then CONECT records should not be parsed.  <br><br>For issue 330:<br>Parsing CONECT can cause string out-of-bounds exceptions when they have 
only 2 atoms are present.  Besides implementing line length checks when parsing CONECTs, adding a try/catch block for string out of bound 
exceptions around the parsePDBFile(..) handler blocks that skip invalid lines and log warnings rather than breaking 
parsing would make the parser more robust.<br><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Matt Larson, PhD<br>Madison, WI  53705 U.S.A.</div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>