<div dir="ltr">Hi Michael,<div><br></div><div>A) Yes we still will need to host some self-hosted source tarballs. However their size is small, so it should be no problem to host them on GitHub. The files can either be part of biojava/biojava , or part of the website project at biojava/<a href="http://biojava.github.io">biojava.github.io</a>.</div><div><br></div><div>B) I don't think we will need the BioJava Maven repository any more. We have been able to push to Maven Central now for a while, and that repo only contains things that are out-of-date.</div><div><br></div><div>C) About legacy content that was not part of the wiki. We can try to move all content from the download section to an area in biojava/<a href="http://biojava.github.io">biojava.github.io</a>. Also API docs prob. should be moved there.</div><div><br></div><div>D) About inter-wiki links, There are a lot of legacy pages that we need to clean up. I think a lot of content can be removed. Once we are through the cleanup process, we will have a much cleaner and more maintainable set of files. The inter wiki-links can prob. be fixed with some regular expressions, that will be dependent on the organization of files in the project.</div><div><br></div><div>Andreas</div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 23, 2016 at 8:00 AM, Michael Heuer <span dir="ltr"><<a href="mailto:heuermh@gmail.com" target="_blank">heuermh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Nice work!  A few questions:<br><br></div>How would we upload and link to the API docs for a given release?<br><br></div>The internal wiki links do not work, e.g.<a> biojava:Download%201.9.0</a> from the page <a href="http://biojava.github.io/wikis/BioJava:Download_1.9.1/" target="_blank">http://biojava.github.io/wikis/BioJava:Download_1.9.1/</a><br><div><br></div><div>Are we still going to need the self-hosted source tarball links, such as <a href="https://github.com/biojava/biojava-legacy/archive/biojava-legacy-1.9.1.tar.gz" target="_blank">https://github.com/biojava/biojava-legacy/archive/biojava-legacy-1.9.1.tar.gz</a>?<br><br><div><div>Is it important to continue hosting the Biojava Maven repository at <a href="http://biojava.org/download/maven/" target="_blank">http://biojava.org/download/maven/</a>?<br></div><div><br></div><div>(in other words, there is a lot of content hosted at <a href="http://biojava.org" target="_blank">biojava.org</a> that wasn't in the wiki)<br><br></div><div>Then generally, what do folks think about a mention to Biojava Legacy on the new main page?<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>   michael<br></div><div><br><br></div></font></span></div></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 23, 2016 at 4:09 AM, Spencer Bliven <span dir="ltr"><<a href="mailto:spencer.bliven@gmail.com" target="_blank">spencer.bliven@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">It might be good to mention that the usernames.txt maps <i><a href="http://biojava.org" target="_blank">biojava.org</a> wiki</i> account names to your <i>github email</i>. I was originally expecting github usernames to be used somewhere. All my commits seem to have been correctly ported.<br></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 23, 2016 at 9:54 AM, Spencer Bliven <span dir="ltr"><<a href="mailto:spencer.bliven@gmail.com" target="_blank">spencer.bliven@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Looks fantastic. Thanks Andreas!<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Sat, Mar 19, 2016 at 7:51 AM, Andreas Prlic <span dir="ltr"><<a href="mailto:andreas@sdsc.edu" target="_blank">andreas@sdsc.edu</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I created a new project that can convert the content of our mediawiki instance to markdown pages. It is available from </div><div><br></div><div><a href="https://github.com/biojava/biojava.github.io" target="_blank">https://github.com/biojava/biojava.github.io</a></div><div><br></div><div>In the branch "first_conversion" I performed an initial round of conversions. I am using Peter Cock's scripts at <a href="https://github.com/peterjc/mediawiki_to_git_md" target="_blank">https://github.com/peterjc/mediawiki_to_git_md</a> for this (thanks Peter!).</div><div><br></div><div>If you want to get credits for your contributions, please add your name and email to the usernames.txt file. I added all people with more than 100 edits on mediawiki (and for who I had contact info).</div><div><br></div><div>There are a lot of dead pages that have been converted. Which pages can we delete?</div><div><br></div><div>Still todo: Set up a nice jekyll site using the new markdown pages.</div><span><font color="#888888"><div><br></div><div>Andreas</div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">-----------------------------------------------------------------------<br>Dr. Andreas Prlic<br>RCSB PDB Protein Data Bank</div><div>Technical & Scientific Team Lead</div><div dir="ltr">University of California, San Diego<div><br></div><div>Editor Software Section <br><div>PLOS Computational Biology<div><div><div><br></div><div>BioJava Project Lead<br>-----------------------------------------------------------------------<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></font></span></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
biojava-dev mailing list<br>
<a href="mailto:biojava-dev@mailman.open-bio.org" target="_blank">biojava-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev</a><br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
biojava-dev mailing list<br>
<a href="mailto:biojava-dev@mailman.open-bio.org" target="_blank">biojava-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev</a><br></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>