<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Support for electron density map calculation would be absolutely fantastic, I'm all for it. Let me know if you need any help with that. It would probably require a couple of external libraries (FFT for instance?), perhaps this should be done on a new biojava module so that we keep the additional library requirements out of the core structure module.</span><br><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Jose</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 29, 2016 at 3:34 PM, Andreas Prlic <span dir="ltr"><<a href="mailto:andreas@sdsc.edu" target="_blank">andreas@sdsc.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Matt,<div><br></div><div>there is currently no code for this in BioJava, however it would be great to have! Any contributions in this directions would be more than welcome.</div><div><br></div><div>Andreas</div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Fri, Jan 29, 2016 at 3:02 PM, Matt Larson <span dir="ltr"><<a href="mailto:larsonmattr@gmail.com" target="_blank">larsonmattr@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div>Are there any methods in BioJava's API to create electron density maps from structure factors?  <br><br>The RCSB Protein Data Bank has switched from providing .mtz format to using a .cif format for the structure factors.  BioJava already has mmCIF parsing for _loop records that relate to the protein structure and could probably easily support the new format for providing structure factors.<br><br>Using structure factors /w generated phases from coordinates and to create density maps would be a harder task.  Is there any interest in this kind of functionality in BioJava?  <font size="2"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I saw a recent discussion related #224 (</span></font><font size="2"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><span> Extend biojava-structure to better support energy minimization ) that looked like a promising area that could benefit from having real electron density or methods for calculated structure factors.</span></span></font><span><font color="#888888"><font size="2"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"></span></font><br></font></span></div><span><font color="#888888"><br><div><div><div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Matt Larson, PhD<br>Madison, WI  53705 U.S.A.</div></div></div></div>
</div></div></div></font></span></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
biojava-dev mailing list<br>
<a href="mailto:biojava-dev@mailman.open-bio.org" target="_blank">biojava-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
biojava-dev mailing list<br>
<a href="mailto:biojava-dev@mailman.open-bio.org">biojava-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev</a><br></blockquote></div><br></div>