<div dir="ltr">I think it sounds useful. Want to provide a pull request?<div><br></div><div>A</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 1, 2016 at 11:50 AM, Matt Larson <span dir="ltr"><<a href="mailto:larsonmattr@gmail.com" target="_blank">larsonmattr@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><span style="font-family:georgia,serif">There is a set of available Chemical Component Providers in BioJava including:<br> <br><b>ReducedChemCompProvider</b> - no network access, limited set.<br></span></div><div><span style="font-family:georgia,serif"><b>DownloadChemCompProvider</b> - network download of chemcomp files as needed.<br></span></div><div><span style="font-family:georgia,serif"><b>AllChemCompProvider</b> - loads all chem comps from a file into memory.<br><br></span></div><div><span style="font-family:georgia,serif">We've implemented another provider "<b>ZipChemCompProvider</b>" that has properties of both AllChemCompProvider and DownloadChemCompProvider.  It keeps the individual chemical components as a local zip archive.  It doesn't load the chemical components in memory, so it might be a bit faster than AllChemCompProvider.  Missing component files are downloaded when queried with the DownloadChemCompProvider then appended to the archive for future use.  <br><br></span></div><div><span style="font-family:georgia,serif">I can package this as a branch and submit this to BioJava if it seems like a useful alternative ChemComp provider.  What do you guys think?</span><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all"></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><div><div><div><div><br>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Matt Larson, PhD<br>DNASTAR, Inc.<br>Madison, WI  53705 U.S.A.</div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
biojava-dev mailing list<br>
<a href="mailto:biojava-dev@mailman.open-bio.org">biojava-dev@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">-----------------------------------------------------------------------<br>Dr. Andreas Prlic<br>RCSB PDB Protein Data Bank</div><div>Technical & Scientific Team Lead</div><div dir="ltr">University of California, San Diego<div><br></div><div>Editor Software Section <br><div>PLOS Computational Biology<div><div><div><br></div><div>BioJava Project Lead<br>-----------------------------------------------------------------------<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>