<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body dir="auto"><div><span></span></div><div><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><div><span></span></div><div><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><div>Thank you Jose for reviewing my code!</div><div>The run module is still not on GitHub, I can add it in case the SearchIO will be accepted. Andreas also wrote me that he is going to view it. However, I remember that unfortunately it lacked an extensive test case section (it is a not so recent project of mine).&nbsp;</div><div>About your other comments: I actually have fear that if we move alignment data structure this could be considered a major change (according to semantic versioning) since this is an Api change and anyone referencing this class will be forced to update his own code. Anyway also in my opinion this would be the best choice.&nbsp;</div><div>About the last blast format isn't supported since this work is older, but as for new parsers the way to go is already defined as I described in my previous. In case, I could face the issue.&nbsp;<br><br>I look forward to hearing from Andrea,</div><div>Best wishes,</div><div><br></div><div>Paolo</div><div><br><br></div><div><br><div>Inviato da iPhoneIl giorno 30/ago/2015, alle ore 13:51, Jose Manuel Duarte &lt;<a href="mailto:jose.duarte@psi.ch">jose.duarte@psi.ch</a>&gt; ha scritto:<br><br></div><blockquote type="cite"><div>
  
    <meta content="text/html; charset=windows-1252" http-equiv="Content-Type">
  
  
    Hi Paolo<br>
    <br>
    Sorry for the late reply, only now I've been able to have a quick
    look at your new SearchIO module and I think it looks fantastic. In
    my opinion this is a great and needed feature. I would definitely
    want to use it for my own projects as soon as possible. Some
    comments inline below.<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 22.08.2015 19:26, Paolo Pavan wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:5886D938-09A4-43D8-B7E6-8EE078485382@gmail.com" type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <div><span></span></div>
      <div>
        <div dir="ltr">
          <div dir="auto">
            <div><span></span></div>
            <div>
              <div><span></span></div>
              <div>
                <div><span></span></div>
                <div><br>
                  <span>Also note that this is a required part of
                    another module I have written that can potentially
                    be of community interest: a biojava-run module, to
                    bless it similarly to something already listened.
                    This latter aims to be a generic module used to run
                    an analysis performed by an external program. In my
                    case I needed ncbi blast search. So the API was
                    written to declare a database of biojava Sequence
                    objects, pass a collection of query sequences and
                    retrieve in output Result objects of the SearchIO
                    module. </span><br>
                  <span>I know from previous attempt echoed in the
                    mailing list that the orientation of the project was
                    to reimplement the blast algorithm in pure Java and
                    I agree that it would be a great idea. But until now
                    this project as far as I know is late and I solved
                    the platform portability issue by including several
                    binaries for all the platforms (well, the major)
                    packaging all together in one jar file relying upon
                    this great Java facility. </span><br>
                  <span>Anyway, all this came later. </span><br>
                </div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    The biojava-run module sounds interesting too, do you have it
    anywhere in github that we can have a look at it?<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:5886D938-09A4-43D8-B7E6-8EE078485382@gmail.com" type="cite">
      <div>
        <div dir="ltr">
          <div dir="auto">
            <div>
              <div>
                <div><span></span><br>
                  <span>Just to spend few technical comments on the
                    SearchIO module:</span><br>
                  <span>- included in core module since it defines a new
                    base data structure</span><br>
                  <span>- include a dependency from biojava-alignment.
                    This is not compulsory, it is there since the
                    alignment data structure is included in that
                    package. In my opinion, moving this important data
                    structure in core will solve this and avoid similar
                    problems in the future. This is also the reason why
                    I choose to add those new implemented Hits/Hsp etc
                    directly in core, after all search is one of the
                    most important tasks in bioinformatics.</span><br>
                </div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    I agree it only makes sense to have it in core right now. However
    the dependency on biojava-alignment is not ideal. In principle the
    best solution would be to move the alignment data structure to core,
    I agree with you. For the time being another possibility would be to
    put all the new SearchIO stuff in biojava-alignment, but that
    doesn't really improve the structure of things. I'd vote for moving
    the alignment data structure as a sounder and better long-term
    solution. <br>
    <br>
    This would surely require a new minor version, so that all the new
    stuff would be released as biojava 4.2.<br>
    <br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:5886D938-09A4-43D8-B7E6-8EE078485382@gmail.com" type="cite">
      <div>
        <div dir="ltr">
          <div dir="auto">
            <div>
              <div>
                <div><span>- BlastXML parser is implemented in the
                    BlastXMLQuery class. Maybe this name it is not so
                    meaningful, it comes from the original class that is
                    still there in biojava even if it seems not so much
                    utilised, that I initially started to improve trying
                    to remain tighter to the original project. From here
                    also the use of the class XMLHelper and some
                    deprecated tags I added. From the old thread I
                    understood that there was not any "elective choice"
                    of biojava for XML parsing, but anyway the job was
                    already done with the XMLHelper module and so this
                    class came to new life.</span></div>
                <div><span>- it was designed to be easy to extend: </span>add
                  support for a new file format a developer must just
                  write a single class that implements the ResultFactory
                  interface (<span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">I have
                    implemented also a blast tabular parser to show it)</span>.
                  The Api for biojava user does not change, it is just:</div>
                <div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span>SearchIO</span>
                    reader <span>=</span> <span>new</span> <span>SearchIO</span>(<span>new</span>
                    <span>File</span>(<span><span>"BlastReport.blastxml</span><span>"</span></span>),
                    blastResultFactory);</span></div>
                <div><br>
                  <span>- it is possible to auto recognise file formats
                    relying upon standard file extension. Just try a
                    different constructor:</span></div>
                <div><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">&nbsp;
                    &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<span>SearchIO</span>&nbsp;reader&nbsp;<span>=</span>&nbsp;<span>new</span>&nbsp;<span>SearchIO</span>(<span>new</span>&nbsp;<span>File</span>("BlastReport.blastxml<span><span>"</span></span>));</span><br>
                  <span></span><span></span></div>
                <div><span><br>
                  </span></div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    How about the different blast XML formats? Would it work with all
    the latest ones? Blast+ 2.2.31 has introduced some modifications to
    the format (see <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777/">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777/</a>)<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:5886D938-09A4-43D8-B7E6-8EE078485382@gmail.com" type="cite">
      <div>
        <div dir="ltr">
          <div dir="auto">
            <div>
              <div>
                <div><span>If you agree that this feature would be
                    interesting for the project I can send a pull
                    request for the SearchIO part and then push on my
                    GitHub also the run module. </span><br>
                  <span></span><br>
                </div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    I think it is a very nice addition, in my opinion you should go
    ahead with the pull request which will make it easier for everyone
    to check it out and review it for a while.<br>
    <br>
    Jose<br>
    <br>
  

</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>biojava-dev mailing list</span><br><span><a href="mailto:biojava-dev@mailman.open-bio.org">biojava-dev@mailman.open-bio.org</a></span><br><span><a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biojava-dev</a></span></div></blockquote></div></div></div></body></html>