I&#39;ve been followig this dev for a long time waiting patiently for someone to <b>finally</b> realize that BioJava produces nothing like clustal in MSAs. It&#39;s pretty disappointing.<div><br></div><div>Also, that cookbook could probably use some work. It&#39;s struggling.<br><br>On Tuesday, June 16, 2015, stefan harjes &lt;<a href="mailto:stefanharjes@yahoo.de">stefanharjes@yahoo.de</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:16px"><div>Hi biojava,</div><div><br></div><div dir="ltr">I am fighting with the multiple alignment of several DNASequences. When I use the biojava computation I get alignments errors regarding the gaps. Clustalx computes a much better result in comparison:</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">biojava<br></div><div dir="ltr">TTGGGGCCTCTAAACGGGGTCTT<br>TTGGGGC-TCTAAC--GGGTCTT<br>TTGGGGCCTCTAAACGGG-TCTT<br><br>clustal<br>TTGGGGCCTCTAAACGGGGTCTT<br>TTGGGG-CTCT-AACGGG-TCTT<br>TTGGGGCCTCTAAACGGG-TCTT<br>****** **** ****<br></div><div>The most important difference is the second gap in the middle sequence, which is obviously better aligned in clustal. Any hints as to how to improve the biojava parameters/algorithms? <br></div><div><br></div><div>Cheers</div><div>Stefan</div><div>p.s.<br></div><div dir="ltr">I already tried to implement the actual gapPenalty which clustal uses which is 10/.1 for the pairwise and 10/.2 for the multiple alignment. (i.e. I changed all java short types to int, scaled all scoring parameters including the matrix by 10 and implemented two different gapPenalties in the two alignments). Unfortunately this does not change anything. <br></div><div dir="ltr">Does any of you guys have a copy of the IUB scoring matrix? which would be my next try?</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"> <br></div></div></div></blockquote></div>