<div dir="ltr"><div><div>Dear all,<br><br></div>After my talks with my professor, I was advised to change the project subject directly to molecular dynamics analysis which is directly related to full scale protein dynamics. This would be a package which contains DCD files reader (DCD is a common extension of the binary files which are created by MD simulations), DCD to PDB converter (PDB files that contain each frame of simulation just like NMR models). Also it would have the tools to do analysis on MD trajectories. These analysis methods could include <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Root_mean_square_fluctuation">mean square fluctuations of residues</a>, <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Autocorrelation">auto-correlations of residues</a>, <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Cross-correlation">cross-correlations</a> (presentation of them as heatmaps, if I can find good tools to create these charts easily in Java) and visualizations of these analysis. I think this would be a better start for protein dynamics analysis in BioJava. <br><br></div><div>Also these methods are much better known in comparison and it could really increase my chance to find mentors as well. <br><br></div><div>So I would be grateful if you could kindly change the BioJava part in OBF list from Gaussian Network Model to Molecular Dynamics Analysis package.<br><br></div><div>Best regards, <br><br></div><div class="gmail_extra">Serdar<br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div>Serdar Özsezen<br><br></div><div>Research Assistant<br></div><i>Polymer Research Center<br></i></div><i>Bogazici University, Bebek, Istanbul</i><br><a href="http://safir.prc.boun.edu.tr/prcw/people/serdar-ozsezen/" target="_blank">http://safir.prc.boun.edu.tr/prcw/people/serdar-ozsezen/</a><br><br></div></div>
</div></div>