<div dir="ltr"><div><div>I just updated my eclipse workspace to the new module names and updated my branches, so I thought I&#39;d share some tips. Basically, after moving modules you have to set up your eclipse workspace afresh. Thus, if you want to use eclipse for merge resolution then it&#39;s best to do two merges, one on each side of the rename. My protocol:<br><br></div>1) If you anticipate conflicts, merge first with the version just before the renames. I recommend doing this to all your branches before proceeding to the next step.<br><br><div style="margin-left:40px">git merge 748da43<br></div><br></div>2) Merge your master with the biojava master branch. Lots of things moved around, so you will get a warning unless you first increase the renameLimit property.<br><br><div><div><div style="margin-left:40px">git config merge.renameLimit 5000</div><div><div style="margin-left:40px">git merge -X patience main/master<br></div><br></div><div>3) If you added any files, these will be in the old biojava3-* folders. They need to be moved manually.<br><br><div style="margin-left:40px">git mv biojava3-x/src/main/java/org/biojava/bio/x/Foo.java  biojava-x/src/main/java/org/biojava/nbio/x/<br></div></div><div><br></div><div>4) Reconstruct eclipse projects.<br>4a) Delete all the biojava packages, choosing to leave files on disk.<br></div><div>4b) Import... Existing maven projects, and navigate to the existing files<br></div><div>4c) Select all the biojava projects. Right click, and choose Team&gt;Share project. Complete the dialogue to set up egit again.<br><br></div><div>5) You will probably have conflicts from the import statements too. Change all the biojava3.bio packages to biojava.nbio and/or run eclipse&#39;s organize imports utilities.<br><br></div><div>6) Repeat 2, 3, and 5 for each branch to convert it to the new layout.<br><br><br></div><div>Cheers,<br></div><div>Spencer<br></div><div><br></div></div></div></div>